Nourrir son microbiote : fibres, aliments fermentés et régularité

Yaourts, kéfir, fibres, probiotiques : les conseils pour nourrir son microbiote ne manquent pas, et ils ne se valent pas tous. Pour savoir ce que chaque étude a réellement mesuré, les analyses scientifiques sur le microbiote de NutriCellScience reprennent les essais un par un, avec leurs résultats et leurs limites. Dans l’assiette, quelques repères simples suffisent pourtant à bien démarrer.

Le microbiote intestinal se nourrit de ce que l’on mange, et surtout de ce que l’on ne digère pas soi-même. La quantité de fibres, la variété des végétaux et la régularité des repas reviennent dans presque toutes les recherches sérieuses.

Voici ce que disent les agences sanitaires et les principales études, et comment le traduire au quotidien, sans complément ni régime compliqué.

Ce que l’on nourrit vraiment

Le mot « microbiote » désigne l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans le tube digestif. D’après le dossier de l’Inserm consacré au sujet, publié le 18 octobre 2021, notre intestin en abrite environ 10¹³, soit dix mille milliards.

La plupart vivent dans le côlon, la dernière partie de l’intestin. C’est là qu’arrivent les fibres alimentaires que l’estomac et l’intestin grêle n’ont pas pu digérer. Les bactéries les fermentent : les fibres sont leur principale nourriture.

Quand elles viennent à manquer, les bactéries ne restent pas inactives. L’INRAE explique, dans un dossier publié le 23 juin 2022, qu’elles se tournent alors vers le mucus qui tapisse la paroi de l’intestin. C’est l’une des raisons pour lesquelles l’alimentation pèse autant sur l’équilibre de cet écosystème.

Les fibres, premier repas des bactéries

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation (Anses) recommande aux adultes 30 grammes de fibres par jour. Or son étude INCA 3, publiée le 12 juillet 2017, mesure un apport moyen de 20 grammes seulement chez les adultes vivant en France.

Il manque donc en moyenne un tiers de la ration conseillée. Pour combler cet écart, inutile de chercher un aliment miracle : il suffit de déplacer quelques choix du quotidien vers des aliments naturellement riches en fibres.

Les repères officiels indiquent lesquels. Dans ses repères de consommation publiés le 24 janvier 2017, l’Anses demande une consommation renforcée et régulière de légumineuses, comme les lentilles, les fèves ou les pois chiches. Elle conseille aussi de préférer les produits céréaliers moins raffinés : pain et pâtes complets ou semi-complets, riz complet.

Santé publique France a traduit ces repères en gestes simples en janvier 2019 : des légumes secs au moins deux fois par semaine, et une petite poignée de fruits à coque par jour, comme des noix, des noisettes ou des amandes. Les fruits et légumes restent la base, avec une priorité donnée aux légumes selon l’Anses.

Un bol de flocons d’avoine le matin, des lentilles ou des pois chiches deux midis par semaine, du pain complet à la place du pain blanc : ces changements suffisent souvent à rapprocher l’assiette des repères. Mieux vaut augmenter par paliers, sur quelques semaines, le temps que la digestion s’habitue.

Pour composer ces repas sans tout réinventer, la méthode de l’assiette décrite dans notre article sur l’organisation d’un repas équilibré reste un bon point de départ.

La diversité compte autant que la quantité

Manger 30 grammes de fibres en ne variant jamais les sources ne nourrit pas les mêmes bactéries qu’une assiette variée. Chaque espèce a ses préférences, et un microbiote diversifié est le plus souvent décrit comme un microbiote en bonne santé.

Le projet de science participative American Gut, qui a réuni plus de 10 000 participants, l’a illustré dans la revue mSystems en mai 2018. Les personnes qui mangeaient plus de 30 plantes différentes par semaine, soit 41 personnes, avaient un microbiote plus diversifié que celles qui en mangeaient 10 ou moins, soit 44 personnes. Et ce, quel que soit leur régime alimentaire, végétarien ou non.

Côté français, Joël Doré, directeur de recherche à l’INRAE, avance un objectif du même ordre : 25 fruits et légumes différents par semaine, dans le dossier de l’institut publié en juin 2022.

En pratique, le plus simple est de compter sur une semaine plutôt que sur une journée. Légumes, fruits, légumineuses, céréales, fruits à coque et graines entrent tous dans le total. Changer de légume d’un jour à l’autre, mélanger deux légumineuses dans une salade ou ajouter quelques graines sur un plat fait vite grimper le compteur.

Les produits de saison aident aussi : ils changent d’eux-mêmes au fil des mois, et avec eux les fibres que reçoivent les bactéries.

Les aliments fermentés : ce que montre l’étude de Stanford

La place des aliments fermentés a été testée dans un essai de l’université Stanford publié le 12 juillet 2021 dans la revue Cell. Pendant 10 semaines, 36 adultes en bonne santé ont suivi l’un de deux régimes : riche en aliments fermentés, ou riche en fibres.

Dans le groupe « fermenté », les participants mangeaient du yaourt, du kéfir, du fromage blanc fermenté, du kimchi et d’autres légumes fermentés, des boissons à base de saumure et du kombucha. La diversité de leur microbiote a augmenté, d’autant plus nettement que les portions étaient grandes. Et 19 protéines liées à l’inflammation, mesurées dans le sang, ont baissé.

Dans le groupe « fibres », la diversité du microbiote est restée stable en moyenne sur la période, et aucune de ces 19 protéines n’a diminué. Cela ne veut pas dire que les fibres sont inutiles : elles restent la nourriture principale des bactéries, comme le rappelle l’Inserm. L’essai montre surtout que les deux leviers ne jouent pas le même rôle.

Cet essai reste court et porte sur un petit groupe. Il donne toutefois une piste concrète, cohérente avec la liste que dresse l’INRAE : yaourts, fromages, pain, choucroute, kéfir, kombucha ou kimchi. Une portion de l’un de ces aliments chaque jour est facile à glisser dans ses habitudes.

Un point de vigilance à l’achat : les conserves au vinaigre, comme la plupart des cornichons du commerce, ne sont pas fermentées. Une choucroute crue ou un yaourt nature correspondent mieux à ce qui a été étudié.

Des repas réguliers, un rythme stable

Le microbiote suit lui aussi une horloge. Une équipe de l’Institut Weizmann, en Israël, a montré dans la revue Cell, le 16 octobre 2014, que sa composition varie au fil de la journée, chez la souris comme chez l’humain. Ce rythme dépend de l’horloge biologique de l’hôte et des heures de repas.

Chez des souris soumises à des horaires de lumière changeants et à des repas pris à toute heure, le microbiote a perdu ce rythme et sa composition a changé. Les chercheurs ont aussi suivi deux personnes après un vol des États-Unis vers Israël : le décalage horaire a modifié leur microbiote, en faveur de bactéries associées à l’obésité.

Ces résultats reposent surtout sur l’animal et sur deux voyageurs. Ils invitent néanmoins à ne pas négliger deux habitudes simples : manger à des heures à peu près régulières, et protéger ses nuits. Voici à quoi peut ressembler une journée construite avec ces repères.

Rien n’oblige à suivre ce schéma à la lettre. L’idée est de répartir les sources de fibres sur la journée et de garder des horaires stables, y compris le week-end quand c’est possible.

Ce qui prive le microbiote

À l’inverse, certaines habitudes appauvrissent le microbiote. L’INRAE cite en premier le régime de type fast-food et les aliments ultratransformés : pauvres en fibres, ils laissent les bactéries sans nourriture, qui se retournent alors contre le mucus de l’intestin.

L’institut signale aussi que l’alcool et les produits carnés augmentent la perméabilité de la paroi intestinale. Réduire l’un et l’autre fait donc partie des gestes utiles, au même titre qu’ajouter des fibres.

Les antibiotiques, enfin, comptent aussi : le projet American Gut cite, avec la variété des plantes consommées, la prise récente d’antibiotiques parmi les facteurs liés à la diversité du microbiote. Il ne s’agit évidemment pas d’interrompre un traitement prescrit, mais de ne pas en réclamer sans raison et de soigner son alimentation pendant et après la cure.

Le café, souvent cité, a aussi été étudié sous cet angle : notre article sur le café du matin et la santé intestinale fait le point sur ce que l’on en sait.

Questions fréquentes

Nourrir son microbiote tient en quelques habitudes : viser 30 grammes de fibres par jour, varier les végétaux d’une semaine à l’autre, glisser un aliment fermenté dans ses repas et garder des horaires réguliers. Les textes et études cités dans cet article sont listés ci-dessous.

Manon Rousseau

Rédactrice · Alimentation pratique, sommeil, équilibre mental

Manon suit l'alimentation pratique, les rituels de sommeil et l'équilibre mental pour anagraphe.fr et vérifie chaque information avant publication.

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